Indonesia là một nước cộng hòa với một hệ thống tổng thống. Với tư cách một quốc gia đơn nhất, quyền lực tập trung trong tay chính phủ trung ương. Sau cuộc từ chức của Tổng thống Suharto năm 1998, chính trị Indonesia và các cơ cấu chính phủ đã trải qua những cuộc cải cách lớn. Bốn sửa đổi đã được tiến hành với Hiến pháp Indonesia năm 1945[88] sắp xếp lại các nhánh hành pháp, lập pháp, và tư pháp.[89] Tổng thống Indonesia là lãnh đạo quốc gia, tổng tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Indonesia, và là người chịu trách nhiệm quản lý nhà nước, lập chính sách cùng quan hệ đối ngoại. Tổng thống chỉ định một hội đồng bộ trưởng, các thành viên của hội đồng không buộc phải là các thành viên được bầu của nghị viện. Cuộc bầu cử tổng thống năm 2004 là cuộc bầu cử đầu tiên dân chúng được trực tiếp bầu ra tổng thống và phó tổng thống.[90] Tổng thống có thể phục vụ tối đa hai nhiệm kỳ 5 năm liên tiếp.[91]

Cơ quan đại diện cao nhất ở cấp quốc gia là Hội nghị Hiệp thương Nhân dân (MPR). Các chức năng chính của cơ quan này là hỗ trợ và sửa đổi hiến pháp, chứng nhận tổng thống nhậm chức, chính thức hoá các khuôn khổ của chính sách quốc gia. Cơ quan này có quyền buộc tội tổng thống.[92] MPR gồm hai viện; Hội đồng Đại diện Nhân dân (DPR), với 550 thành viên, và Hội đồng Đại diện Khu vực (DPD), với 128 thành viên. DPR thông qua các luật và giám sát nhánh hành pháp; các thành viên thuộc các đảng chính trị được bầu với nhiệm kỳ 5 năm theo đại diện tỷ lệ.[89] Những cải cách từ năm 1998 đã làm tăng đáng kể vai trò của DPR trong việc điều hành quốc gia.[93] DPD hiện là một cơ quan mới chịu trách nhiệm quản lý khu vực.[94]

Đa số các tranh chấp dân sự đều được đưa ra trước Tòa Nhà nước; các vụ phúc thẩm được xử tại Tòa Cấp cao. Tòa án Tối cao là tòa cấp cao nhất của nhà nước, và đưa ra phán quyết cuối cùng về các vụ phúc thẩm sau khi đã xem xét lại vụ việc. Các tòa khác gồm Tòa Thương mại, xử các vụ phá sản và mất khả năng thanh toán, một Tòa án Hành chính Quốc gia xử các vụ về luật hành chính chống lại chính phủ; một Tòa án Hiến pháp xử các vụ về tính hợp pháp của pháp luật, các cuộc bầu cử, giải tán các đảng chính trị, và phạm vi quyền lực của các định chế nhà nước; và một Tòa án Tôn giáo để xử các vụ án tôn giáo riêng biệt.[95]